Центр коллективного пользования (ЦКП) «Нанотехнологии» был создан в 2003 году как Региональный межведомственный центр коллективного пользования «Нанотехнологии» Таганрогского Государственного Радиотехнического Университета (ТРТУ). В 2009 году преобразован в Центр коллективного пользования «Нанотехнологии» Федерального государственного образовательного учреждения высшего образования «Южный федеральный университет» (ЮФУ) для интеграции и координации усилий подразделений ЮФУ по предоставлению в коллективное пользование организациям, в том числе предприятиям и учреждениям региона уникального научно-исследовательского и аналитического оборудования с целью повышения эффективности его использования. ЦКП «Нанотехнологии» функционирует на принципах межвузовской и межведомственной кооперации, выполняя централизованное обслуживание научных исследований в соответствии с положением о центре.

Задачи ЦКП «Нанотехнологии»:
1. Концентрация интеллектуального потенциала и материально-технической базы.
2. Повышение эффективности использования имеющегося в ЦКП оборудования путем предоставления в коллективное пользование для организаций отраслевой направленности региона.
3. Участие ЦКП в выполнении проектов по приоритетным направлениям развития фундаментальной и прикладной науки и критических технологий федерального уровня.
4. Обеспечение подготовки молодых специалистов, научных и научно-педагогических кадров высшей квалификации – кандидатов и докторов наук – по научным специальностям, определяющим развитие науки, техники и технологий по приоритетным направлениям.
5. Организация стажировок и курсов повышения квалификации по направлению работы ЦКП.
6. Дальнейшее развитие приборной базы ЦКП.
7. Организация и проведение семинаров, конференций, выставок и школ по основным направлениям деятельности ЦКП.

Функции ЦКП «Нанотехнологии»:
1. Обеспечение возможности коллективного пользования уникальным научным оборудованием юридическим лицам: исследователям научных, производственных и учебных организаций в области микро- и нанотехнологии.
2. Оказание юридическим лицам методической помощи и переподготовка кадров в области нанотехнологии.
3. Подготовка, заключение и выполнение предусмотренных действующим законодательством договоров от имени ЮФУ, в том числе государственных и муниципальных контрактов.